Setsuna Mudô, seize ans, est follement amoureux de sa sœur Sara mais cet amour est interdit. Sa situation se complique quand interviennent deux démons, Kouraï et Arachnée, qui lui apprennent qu'il est la réincarnation de l'ange organique Alexiel, qui autrefois se dressa contre Dieu. Cette guerre sanglante entre le Ciel et les Enfers a cessé.
Rochel, le maître de l'armée des anges, a été emprisonné dans la "Geôle des Châtiments" au coeur d'Asshiah (la Terre des Humains).
Quant à l'ange Alexiel, chef de la rebellion des Démons, elle a été enfermée dans un "Cristal des Anges", et son âme a été condamnée à se réincarner indéfiniment sur Asshiah.
L'ordre est alors revenu entre les deux mondes avec pour nouveau maître au Paradis Sévoth-tart.
Les Démons, eux, ne pensent qu'à se venger de la suprématie des anges et de la tuerie qu'ils ont organisée dans les Sous-sols.
C'est ainsi que deux d'entre eux, Kouraï et Arachnée, sont allés voler le cristal des anges d'Alexiel dans le Couloir du Néant, lieu du Paradis où il était précieusement gardé. ils recherchent son âme sur Asshiah et découvrent qu'elle est réincarnée en Sétsuna Mudô, jeune homme à l'existence compliquée...
Inquiété par cet acte démoniaque, Katan, diciple de Rochel, décide de délivrer son puissant maître. Il distribue pour cela sur Asshiah un jeu nommé "Digital Angel ~ Angel Sanctuary", jeu mortel qui aspire tout simplement les données de ses joueurs, afin de stocker assez d'énergie pour rematérialiser Rochel...